《洞洞杂货店》是一部以奇幻治愈为核心的漫画，故事围绕一家只在深夜营业的神秘杂货铺展开，铺面极小，夹在两家24小时便利店之间，稍不留意就会错过。店主是一位披着深蓝色斗篷、从不露脸的少女“阿夜”，她自称是“执念收集者”，专为那些心中有未解心结的客人提供“以物易物”的服务——客人带来一件承载执念的物品，阿夜便会用一件具有对应魔力的杂物与之交换，从而化解客人的执念。主角江望是一名心理系研究生，因研究课题误入杂货铺，被阿夜留下当助手。在协助接待形形色色的客人过程中，江望发现阿夜本人其实也困在一段无法释怀的执念里——她一直在等待一个“永远不会再回来的人”。漫画通过单元剧的形式层层递进，最终揭开阿夜的身世之谜。
江望在整理杂物时无意中碰落了阿夜的斗篷，露出一张与他记忆中已故姐姐一模一样的脸。阿夜平静地说：“你姐姐当年也来交换过执念——她用‘让我弟弟不再自责’换了一枚平安符。”江望跪在地上，泣不成声。
一位老妇人带来一座停摆的怀表，指针停在丈夫去世的那一刻。阿夜换给她一座“倒流沙漏”，让她在梦中与丈夫重新度过了完整的一天。老妇人次日还回沙漏说：“够了，我不再等了。”这是杂货铺第一次收到退换货。
中年男人带来一沓从未寄出的情书，写给高中时暗恋的姑娘。阿夜用一支“告白羽毛笔”换走了情书，男人当晚就梦见了那位姑娘——她笑着说“其实我一直知道你藏着这些信”。第二天，男人翻出同学录，发现她五年前已因病去世。
江望终于坦白自己的执念——他七岁时因贪玩让姐姐替他取风筝，姐姐失足坠崖。他一直认为是自己害死了姐姐。阿夜拿出一个“记忆水晶球”，让他亲眼看到姐姐坠崖前说的最后一句话是“别哭，弟弟”。江望第一次没有在梦里哭醒。
杂货铺的风铃由无数“执念碎片”熔铸而成，每化解一个客人的执念，风铃就会多一片光点。阿夜告诉江望，当风铃彻底发光的那天，她等的人就会回来——但风铃已经亮了九百九十九片，最后一片始终不亮。
江望为了完成“都市传说与心理暗示”课题，深夜蹲守在杂货铺门口。凌晨两点，一个穿黑裙的少女无声地推开门，对他说：“进来吧，外面下雨了。”江望跟着进去后，门在身后自动关上，门外霓虹灯瞬间全部熄灭。